集成平台与生信分析的首次接触

集成平台与生信分析的首次接触

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解决方案
作者:苏南
推荐理由
集成平台解决生信分析的复杂操作,操作分析人员更简单便捷。
一、业务/日常场景
我来自上海伯杰医疗科技股份有限公司,作为一名IT职业人员,在我的工作中,我发现使用飞书集成平台可以很好地解决tngs检测环节的生信分析集成问题。通过将飞书集成平台与生信分析脚本进行集成,可以实现检测任务数据的实时展示和处理,同时也可以在飞书界面上进行实验操作和数据分析,从而大大降低了干实验的操作门槛,提高了实验效率和便捷性。
此外,使用飞书集成平台还可以实现实验过程的反馈和监控,使得实验人员可以更加直观地了解实验进展情况和实验结果,从而及时调整实验方案和操作方法,同时也可以提高实验室人员的工作满意度和实验体验。我的工作也得到了他们的高度评价和认可。
二、主要痛点
如果没有一套成熟的生信分析平台,那么tngs干实验环节的生信分析你可能要经历操作linux系统,操作python命令,拷贝excel数据,再执行命令。
第一步:cd/home/root/scripts
第二步:运行如下命令,确认表格填写无误conda run -n tngspythoncheck_file.py -bcl samples.xlsx
第三步:执行程序nohup sh tNGS_pipeline.sh-Ixxxx(替换为测序批次)&
第四步:XXX
很繁琐有木有?非专业人员即使接受培训使用,也需要耗费很多时间去接受理解,且手动操作容易出问题。
三、集成模板及解决方式
方式一:集成平台调用生信分析脚本
操作方式:
复杂的生信执行命令,和excel填写工作,利用python+flask去实现,让集成平台来调用。
方式二:多维表格自动化调用集成平台
操作方式:
多维表格自动化调用,执行生信分析接口。
生信分析调用集成平台接口,更新多维表格分析任务状态记录。
250px|700px|reset
1、首先,我们把复杂的手动工作先简单整理包装下,做成一个简单的接口。
2、其次,我们利用多维表格传参,代替手工拷贝数据,调用接口生成excel表格并执行接口。
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3、最后,当生信分析结束时候我们需要把结果回传到表格给用户。
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四、集成效果
1、高效且低成本:整个集成流功能的搭建过程,一个人只需要2天的时间。
2、使用简单且清晰:tngs分析任务从新建到触发只需要勾选需要分析的一条批次号即可,再点开始分析两步骤,动动手指即可完成。
3、需求变更响应及时:当同事提出需求变更时,只需大约1小时即可调整完成。
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